马德里商标国际注册体系（以下简称马德里体系）的优点主要体现在以下几个方面：
（1）手续简单
商标申请人一般只需要通过一个机构（世界知识产权组织国际局）、使用一种语言（法语、英语或西班牙语）、提交一份申请、缴纳一次费用（目前只有日本和加纳的收费分申请费和注册费两次收取），就可以向除其原属国之外的其他所有加入相同条约的缔约方提出商标注册申请，从而免去了分别向这些缔约方的商标主管机关使用不同语言、提交不同申请、分别缴费的繁琐程序。
（2）费用低廉
实践表明，通过马德里体系申请商标国际注册比去各国逐一申请商标注册在费用上更为便宜。申请的国家越多，费用节省得越多。
手续的简单和费用的低廉还体现在国际注册申请后的诸多程序当中，比如变更、转让、续展、删减、注销等申请也只需要提交一份申请、缴纳一次费用。
（3）减少缔约方商标主管机关的工作量
商品和服务的分类及商标国际注册申请的形式审查部分是由世界知识产权组织国际局（以下简称国际局）完成的，这在一定程度上减少了缔约方商标主管机关的工作量。另外，国际局负责国际注册公告的发行，免除了各主管机关再次公告国际注册商标的义务。国际注册规费的收取和分配也是由国际局来完成的，同样减少了各主管机关的工作量。
当然，马德里体系仍然存在一些缺点，主要体现在以下几个方面：
（1）没有统一的注册证
国际局在收到国际注册申请后会颁发一张国际注册证，但其效力仅类似于国内的受理通知书，且大多数缔约方的商标主管机关在审查之后一般也不再颁发注册证或核准通知书，只有在商标被全部或部分驳回的情况下，才向申请人发出驳回通知书。因此，申请人只有通过计算驳回期限的方式来推断自己的商标是否被相关缔约方的主管机关核准。对于习惯了拥有一张经商标主管机关盖章的注册证的国内申请人来说，没有注册证会令他们感觉有些不踏实。由于大多数国家的申请人也有同样的想法，目前国际局正在不断改善自己的工作，除了完善网络数据库的内容外，还规定从2011年1月1日开始，对被全部核准的申请，各主管机关均需发出核准通知书，但是否向申请人颁发注册证仍由各缔约方的主管机关自己决定。
（2）缺少后续程序
对于在各缔约方被驳回或被异议的国际注册申请，国际局不负责转交申请人需要向缔约方提交的复审或答辩书件，只能由申请人委托该缔约方认可的代理机构递交。国际局不负责后续程序法律文件的递交，主要是考虑到工作量过于繁重。因为各国法律规定的程序差异很大，并且一般都要求以本国语言来提交，申请人需要提交的各种文件也非常庞杂，一份异议申请或答辩往往有几十乃至上百页，就目前国际局的规模和经费来看，实践中很难操作。
（3）缔约方数量有限
截至目前，马德里体系的缔约方有84个，一些重要的国家还没有加入该体系，北美、南美、中东、非洲、东南亚等地区的大部分国家还徘徊在该体系之外，其中包括加拿大、巴西、阿根廷、马来西亚、泰国、印度尼西亚等一些我国重要的贸易伙伴。在很多情况下，国内申请人不得不同时选择通过马德里体系和逐一国家申请两种途径来申请商标。
