俄罗斯驻华使馆的历史与俄国250多年前驻华传道团的历史有着千丝万缕的联系。由于俄中两国没有外交关系，传道团的神职人员在很长一段时期内充当着俄国政府在中国的非正式代表。此外，传道团对俄国人科学地研究中国作出了巨大贡献，培养了一大批世界知名的汉学家。
17世纪俄国开始开发东西伯利亚，中国与北方邻国发生了冲突。两国的初期接触竟然是一些边境武装冲突。其中最著名的是1685年中国军队攻占了阿穆尔河上阿尔巴津要塞,45名俘虏被押解到北京，从此开始了俄国人在中国生活的历史。尽管中国人统称他们为俄人，但他们中还有布里亚特人、卡尔梅克人和混血人的后裔。他们被安置在东直门内，康熙皇帝把他们编入军队，隶属镶黄旗，称为“俄罗斯队”。这些战俘与中国官兵一样得到国家的住房、领取生活费和分到了耕地，单身汉还娶中国女人为妻，并将一座关帝庙划拨给他们作祈祷用。司祭马克西姆·列昂季耶夫（他是在中国的第一位东正教司祭）将其改为小教堂，他一直在这里当神父直到1695年。
这时俄国得知了马克西姆神父的活动，得知他为战俘保持信仰所作的努力。俄国政府和宗教界人士对他们的命运很关心，俄国沙皇请求中国皇帝释放战俘，或允许他们在北京建立自己的教堂。1696年马克西姆神父与从俄国来的神职人员一起建立了圣索菲亚教堂，它也被称为圣尼古拉教堂。
马克西姆神父1712年去世，战俘们请求再派个新神父，于是传道团加快了组建。1714年修士大司祭伊拉利昂·列扎伊斯基及其随行人员被派往北京。他携带着圣像、金冠、宗教用具和书籍。1716年传道团来到中国，受到中国的隆重接待，向他们提供了住房和用具。除了理藩院提供给他们的一次性补贴外，每月还发给奉禄。清朝政府将传道团人员算入自己编制，原因是这些东正教神职人员是在为清朝军队中“俄罗斯队”士兵提供服务。在俄国这个传道团由西伯利亚教区的教会管辖。
中国政府又为第二班传道团提供了北京市中心的一处馆址，靠近皇宫、政府机构和商业区。此前那里是王侯们进京的落脚地，在俄国传道团进驻后那里被称为南馆，以区别于北馆（俄国战俘的驻地）。用中国政府为南馆的拨款修建了砖结构的“奉献节”教堂，将圣尼古拉圣像摆了进去，这个教堂为来中国的俄国商人们提供宗教服务。中国人用自己的传统建筑艺术来修建这个教堂，它极为坚固，抵御住1730年的大地震，当时仅北京就有约75000人死亡，第一座东正教小教堂在地震中坍塌。晚些时候，在原址上修建了东正教“圣母堂”。
俄国传道团与天主教传教士不同，它不在汉人和满人中积极传播东正教，不参与宫廷斗争。传道团的活动只局限于维持在华俄人的宗教信仰，执行外交使命，为俄国商人提供住所和帮助，学习中文和满文。由于上述特点，它受到中国政府的善待，没有发生遭迫害的事件。
从18世纪60年代起，由于禁止俄国商人在中国境内从事贸易活动，由于多次中止俄中边境贸易，来华的俄国商人锐减。此外，俄国使节没能与清政府就在北京建立俄国外交代表机构达成协议，因此传道团实际上变成了俄国获取有关中国情况的唯一可靠消息渠道。
北京传道团的任务之一是学习满文、汉文和蒙文，研究中国的历史、文化和宗教。传道团中还有一些来自俄国高等院校和神学院的学生。根据他们所学专业、意愿和能力安排他们的学习科目，他们在这里学习医学、数学、文学和哲学、孔子学说、历史、地理、统计和中国法律。北京传道团造就了一批著名汉学家，其中有拉索欣（1707年—1761年）、列昂季耶夫（1716年-1786年）、比丘林（1785年—1853年）、科瓦列夫斯基（1800年—1878年）、扎哈罗夫（1814年—1885年）、卡法罗夫（1817年—1878年）、瓦西里耶夫（1818年—1900年）。这些先驱者的科学遗产至今仍是俄罗斯汉学研究的宝贵财富。例如，第9班传道团团长比丘林修士大司祭有关北京的描写是后来欧洲所有北京旅游指南的基础材料。
比丘林是1808年至1820年任第9班传道团团长的，这是传道团史上最辉煌的团队之一。它本身没有开展什么活动，但是传道团里的学生和比丘林本人在汉学研究上表现出色。比丘林很快学会了汉语，广交朋友，这使他对中国风俗习惯有了真正了解。在北京14年的生活为他日后著书立说奠定了基础。他创作了有关中国历史、地理和文学多部著作，还编篡了几部字典。他的著作得到了俄国科学院的承认。
1858年中国与西方国家签订了天津条约，此后，传道团的地位发生了变化。包括俄国在内的西方国家在北京开设了外交机构。1861年在北京设立了俄国外交机构后，传道团便不再具有外交职能，它变成了一个纯粹的宗教机构。传道团的人员减少了。
中国政府认为基督教有助于维护秩序和在人与人之间建立和谐关系，因此它没有迫害信仰基督教的国民。
中国政府的这种政策使传道团的宗教活动得以开展，它在中国人中宣传东正教，将多本宗教书籍翻译成中文。19世纪末在天津、福州和汉口开设了俄国租界。
1900年相对平静的生活被义和团的起义打破了。义和团包围使馆区，在北京焚烧基督教堂。俄罗斯传道团的北馆遭到了抢劫和被毁。传道团团长因诺肯季、教士和一些教民躲进俄国外交机构，长达两个月之久。在起义被镇压后，因诺肯季在雍和宫喇嘛庙找到了栖身之处，并在那里开设临时教堂，由于它的存在使雍和宫免遭外国军队的洗劫。
又过了几年，传道团所在地得到了重建，有了自己的装备良好的各种作坊，如面包坊、制皂作坊、铸造车间、锅炉房、印刷厂、装订厂、气象站、澡堂、磨房、奶场和果菜园。特别令人自豪的是养蜂场，每年可提供80普特的优质蜂蜜。在北京西山传道团还买下了一座废弃的庙，在那里建立一座修道院。传道团在北京郊区和邻近省份拥有了许多农场和营地。
在1917年后的国内战争中和随后的几十年，北京传道团为许多俄国难民提供了栖身之地和工作，使许多人在流亡途中做一短暂喘息。
1949年中华人民共和国成立后，在北京的俄国人团体很快解体了。1955年决定关闭传道团，因经费不足，在城里几乎没有俄罗斯东正教教民了。北馆连同建筑和财产都成为苏联国家财产。1956-1959年苏联驻华使馆在这里盖起一片新建筑。南馆移交给中国政府，由于莫斯科东正教大牧首公署在中国的东亚辖区消失，教会的所有财产和建筑都交给了中国政府。
在使馆院内保留了前高级僧侣们的住房、前图书馆（现在是领事处）和某些建筑，它们的外观已大大改变。在使馆院内池塘边的露台上装饰着北馆最古老的遗物，一个大的铁制三腿香炉，是17世纪康熙皇帝时制造的。
俄罗斯传道团可称作是独一无二的机构，在中国不仅代表东正教教会，而且代表俄罗斯国家。它是为俄国内外政策服务的，为建立和保持俄中关系起到了重要作用，在相当长的时期内传道团是研究中国的科研中心，培养出了第一批汉学家。
苏联及俄罗斯历任驻华大使
罗申 1949 – 1952
帕纽什金 1952 – 1953
库兹涅佐夫 1953
尤金 1953 – 1959
契尔沃年科 1959 – 1965
拉宾 1965 – 1967
拉兹杜夫（临时代办） 1967 - 1968
叶利扎韦京（临时代办）1968 – 1970
托尔斯季科夫 1970 – 1978
谢尔巴科夫 1978 – 1986
特罗扬诺夫斯基 1986 – 1990
索洛维约夫 1990 – 1992
罗高寿 1992 - 2005
拉佐夫 2005年至今
